Ve většině případů můžeme vybírat mezi 3 druhy vnitřních filtrů:
1) Klasický vnitřní filtr s filtračním molitanem + u některých typů i menší množství sypkých filtračních materiálů, např. Eheim Pick-up, Aquaball, Biopower či různé variace perfektních AquaEl filtrů. Vhodne použití zhruba od 40l do 200l.
2) Čerpací hlava + molitan, výhoda je větší filtrační objem, nevýhoda může být pro někoho v designu a obsazení většího prostoru v akváriu, vhodné použití od 50l do cca 500l.
3) Bublifuk, tedy malý upravený molitan, do kterého se přes vzduchovací motorek vhání vzduch a tím vzniká proudění vody přes filtrační molitan, používá se u malých akvárií do cca 50l, vhodné třeba ke krevetkám.